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F. Kargl
Zur unmittelbaren Leitung der Arbeiten wurde in Innsbruck eine Bauinspektion aufgestellt, deren Leitung Etzel dem erst 29jährigen Schweizer Ingenieur Achilles Thommen anvertraute; ihm stellte er als Stellvertreter Inspektor Wilhelm Hell wag zur Seite.
Der Bauinspektion waren anfangs drei Sektionen unterstellt, in Innsbruck, Sterzing und Bozen, deren Leitung den Ingenieuren Wilhelm von Prangen, Wilhelm Nast und Friedrich Bunz oblag; für die Baudurchführung wurde sodann noch eine vierte Sektion in Brixen errichtet und dem Ingenieur Josef Ackerl unterstellt. Die Baustrecke w T ar in 16 Abschnitte (Baulose) unterteilt, denen jüngere Ingenieure als Losbauführer vorstanden.
Für die Erwerbung der zum Bahnbau erforderlichen Grundstücke und Rechte war in Innsbruck eine Grundeinlösungskommission auf gestellt worden; ihr Vorstand war der mit einer Vollmacht der Südbahngesellschaft ausgestattete Kommissär Karl Ratzka, dem der k. k. Geometer Wenzel Sommer zugeteilt war.
Die Studien und Entwurfsarbeiten hatten drei Jahre gedauert, denn Bau- direktor Etzel hatte an dem vorgelegten Material wiederholt Änderungen und ergänzende Studien verlangt und auf die möglichst sparsamste Bauausführung gedrängt. Dank der gründlichen Vorarbeiten konnte der Bau in den anschließenden 372 Jahren zu Ende geführt werden, trotzdem wiederholt Unterbrechungen vorgekommen waren.
Etzel hatte mit seinen Mitarbeitern in der Baudirektion besondere Bauvorschriften, Bedingnisse und Normalpläne für den Bereich der Franz-Josef-Orientbahn sowie der Südbahn verfaßt, die Thommen durch eine Instruktion für den Bau der Brennerbahn ergänzte. Diese mit großer Sorgfalt bearbeiteten Behelfe sind noch Jahrzehnte später bei österreichischen und ausländischen Bahnbauten mustergültig gewesen und haben selbst heute noch nicht bloß historischen Wert.
Nach den gesetzlichen Bestimmungen mußten die Entwürfe der privaten Bahngesellschaft dem Handelsministerium zur Genehmigung vorgelegt werden. Bei der Überprüfung wurde im allgemeinen die Abminderung des kleinsten Krümmungshalbmessers von 1000 Fuß = (316 m) auf 600 Fuß (= 190 m) verlangt, was Etzel unter Hinweis auf die Bedeutung der Brennerbahn als Weltbahn ablehnte, schließlich w T urde der kleinste Halbmesser einvernehmlich mit 900 Fuß (= 285 m) festgesetzt. Die übrigen oft sehr weitgehenden Forderungen auf Abänderung der Linienführung in einzelnen Linienabschnitten wies Etzel zurück und beharrte auf seinem Projekt, das schließlich auch genehmigt wurde.
Bei der politischen Begehung wurde ein besonderes Augenmerk darauf gerichtet, daß nirgends ungünstige Materiallagerungen stattfänden, die zu Beschädigungen, Vermurungen u. ä. Anlaß geben könnten, und insbesondere auch darauf, daß der Verkehr auf der Poststraße in keiner Weise behindert werde. Mit besonderer Sorgfalt wurden auch die Lawinenverhältnisse durch die Einvernahme von Gedenkmännern und Sachverständigen, meist Straßen Wärtern, erhoben. Bei der Kommissionierung der Teilstrecke am Brenner wurde der Vorschlag des k. k. Inspektors Vorhauser, der die Bahn mit Umgehung des Brenners über Gries durch das Obern - berger Tal über das Jöchl nach Pflersch führen wollte, abgelehnt, da hierbei ein längerer Tunnel notwendig geworden und die Linie teurer geworden wäre.